Es simple de verdad. Hay tres narrativas: un conquistador español en la Edad Media, un científico en los tiempos modernos y una astronave en el futuro lejano.
La historia principal es sobre un científico que está tratando obsesivamente de encontrar una cura para el cáncer cerebral, del cual sufre su esposa. Él cree que ha logrado un gran avance al usar el ADN inusual de un árbol descubierto en América del Sur que promueve el crecimiento celular, y cree que tiene éxito, pero su esposa muere horas antes de la recuperación.
Antes de morir, la esposa (novelista) le confía la responsabilidad de completar su último libro, The Fountain . El libro trata sobre un conquistador español que intenta descubrir un árbol que otorga vida eterna a su reina. Esta es la primera narración, y esencialmente ocurre en la cabeza del Científico, y es simbólico de su propia búsqueda para detener la muerte.
La narración final es de la persona del tipo Astraonaught / Monk en una burbuja con un árbol, viajando hacia una estrella moribunda. La implicación es que este es el científico que, después de haber inventado una cura para la muerte, ahora es inmortal. El árbol es el árbol plantado en la tumba de su esposa. Ella creía en una espiritualidad de estilo de resurrección azteca, que enseñaba que se vivía en la naturaleza. Presumiblemente creyendo esto después de su muerte, el Científico quiere viajar a la estrella moribunda con su esposa / el árbol y, en la muerte, resucitar.
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La película termina con el florecimiento del árbol y el árbol y el científico siendo sintetizados en la estrella, lo que indica su unión definitiva.