Como dices, depende del contexto.
“Ella está haciendo buen dinero en estos días” tiene la intención de indicar que está ganando más del salario esperado para alguien en sus circunstancias.
Por lo general, estas son las mismas circunstancias que las personas que tienen la conversación, por ejemplo, si se trata de dos promotores inmobiliarios que hablan de un tercer promotor inmobiliario, esa tercera persona gana más que ellos. De lo contrario, la oración generalmente se califica con un “para un médico” o lo que sea.
“Pagó bien por X” significa, nuevamente, que indica que pagó más de lo que uno paga por X.
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El seguimiento habitual de “ella está haciendo buen dinero en estos días” es “¿Ah, sí? ¿Cuánto?” o alguna variante. La implicación es que es imposible decir exactamente cuánto está ganando dada la mera frase “dinero bueno”. Por lo tanto, la frase es intrínsecamente imprecisa, por buenas razones sociales (es decir, la propiedad, la necesidad de comentarios “puntiagudos”, etc.)