Según varias entrevistas, todo comenzó con una conversación durante el desarrollo de un cómic en el que trabajaban los Wachowski. Un amigo le preguntó si tenía alguna otra idea para una nueva serie y los Wachowski dijeron que no. Sin embargo, la pregunta alcanzó su interés cuando comenzaron a reunir varios conceptos que habían concebido en el género de ficción cyberpunk.
Según ellos, el concepto central de The Matrix nació los siguientes tres días con ellos hablando sobre esas ideas.
Sus influencias principales fueron una combinación de títulos de anime japonés como Ghost in the Shell y Akira, así como su amor por las películas de Kung Fu y el cine de acción de Hong Kong como Hard Boiled .
También se inspiraron en el budismo, el hinduismo, el cristianismo y muchas obras literarias como Alicia de Lewis Carroll en el país de las maravillas .
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Más allá de todo eso, los personajes, los puntos de la historia, la trama, los giros y los giros vinieron de una cosa … una gran narración.