P: ¿Debería permitirse la terminación de otra especie para beneficiar a nuestra especie?
R: Dado que los caballos (como se menciona en los detalles de la pregunta) son mamíferos, es muy probable que un virus que podría saltar de los caballos a los humanos también pueda saltar de los caballos a otros mamíferos, por lo que un programa de este tipo estaría condenado al fracaso desde el principio. Y no vale la pena el esfuerzo. Por supuesto, tal programa sería una mala idea de todos modos, pero aún así, no funcionaría.
Una buena comparación es el trabajo que se está realizando para eliminar el mosquito que transporta el virus Zika. La fumigación abundante y la manipulación del ADN para introducir machos infértiles en la especie han tenido efectos locales, pero no están muy extendidos. De hecho, la preocupación es que el virus también puede ser transportado por otros vectores. Y no puedes matarlos a todos.
La respuesta correcta es eliminar el impacto que el virus puede tener en los seres humanos mediante la creación de vacunas eficaces y asegurarse de que las poblaciones que pueden contraer el virus estén protegidas.
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De la misma manera, las bacterias que pueden causar enfermedades peligrosas deben ser vigiladas, y para comprender e identificar dónde se recogen para eliminarlas.
Seguir la pregunta del OP a su extremo lógico sería eliminar todas las demás especies. Eso incluye aves, invertebrados, todo. Creo que el resultado de esto sería la eliminación de nuestra especie también.